Marijina kapela, predhodnica sedanje cerkve, ki je stala pri južnih mestnih vratih ob stolpu mestnega obzidja, se v virih prvič omenja leta 1379. Od v jedru še gotske cerkve iz 15. stoletja, ki je bila prvič prezidana v 16. stoletju, so se ohranili del križnorebrasto obokanega in triosminsko sklenjenega prezbiterija, zazidan kamnit šilasto sklenjen portal na fasadi in zvonik z zazidanim dvodelnim oknom s krogovičjem.
Cerkev so leta 1629 prevzeli minoriti in ob njej zgradili samostan. V drugi polovici 17. stoletja so cerkev s pomočjo grofov Vetter von der Lilie, ki so si v cerkvi uredili grobnico, temeljito prezidali. Povišali so zvonik ter dvignili in obokali ladjo, ki so ji na zahodu dodali pevski kor. Prizadevanja, da bi leta 1796, desetletje po razpustu samostana z jožefinskimi reformami, ukinili tudi cerkev, so bila neuspešna. Največjo škodo je stavba utrpela na začetku štiridesetih let 20. stoletja, ko je bil zaradi širjenja ceste skrajšan gotski prezbiterij.
Svetlo in prostorno notranjščino cerkve na zahodu krasi pevski kor z leseno ograjo s konca 17. stoletja. Z vitkimi stebrički, bisernimi nizi in poglobljenimi dekorativnimi polji sodi med redke ohranjene zgodnjebaročne ograje na slovenskem Štajerskem. Ob barokizaciji je bila cerkev deloma tudi poslikana. Na slavoločni steni je freska s prizorom Poveličanje sv. Frančiška Asiškega, redovnega ustanovitelja minoritov. Niša s Križevim oltarjem pa je poslikana z angelci, ki nosijo orodja Kristusovega mučeništva.
Poznogotski križnorebrasto obokan prezbiterij je nekoč sklepala stena z naslikanim velikim oltarjem, ki je bila ob širjenju ceste odbita. Sedanji klasicistični oltar sv. Marije, ki izvira iz župnijske cerkve sv. Jerneja, je bil ob prenosu leta 1947 predelan in prirejen za sedanje mesto. Od v drugi polovici 20. stoletja odstranjenih stranskih lesenih oltarjev, posvečenih sv. Antonu Padovanskemu, sv. Jožefu, sv. Florijanu in sv. Križu, se je ohranilo le dvanajst kipov, ki so sedaj postavljeni na različna mesta v cerkvi. Kipi, nastali na prelomu iz 17. v 18. stoletje, sodijo med maloštevilna znana dela mariborske kiparske delavnice Franca Krištofa Reissa († 1711), katere najkvalitetnejše delo je oltar v kapeli sv. Frančiška Ksaverja na Ptujski Gori.
V sklopu obnovitvenih del na začetku 21. stoletja je cerkev izgubila originalni baročni tlak, v katerega so bili vzidani štirje nagrobniki iz 17. stoletja. Na treh nagrobnih ploščah v prezbiteriju so bili grbi grofov Vetter, tista v ladji pa je pripadala minoritom. Nekdanja redovna, zdaj Marijina mestna cerkev z zgodnjebaročno arhitekturo, poslikavo in opremo priča o intenzivni naročniški dejavnosti grofov Vetter von der Lilie, nekdanjih posestnikov Slovenske Bistrice, in tukajšnjih minoritov ter se kot kulturni spomenik lokalnega pomena umešča med pomembnejše sakralne objekte na širšem slovenjebistriškem območju.
Simona Kostanjšek Brglez, ZRC SAZU, Umetnostnozgodovinski inštitut Franceta Steleta, 2019
Besedilo je nastalo v okviru projekta Umetnost za turizem. Umetnostnozgodovinske vsebine kot podlaga razvoju trajnostnega turizma Vzhodne Slovenije, ki ga sofinancirata Ministrstvo za izobraževanje, znanost in šport RS in Evropski sklad za regionalni razvoj, in v okviru raziskovalnega programa Slovenska umetnostna identiteta v evropskem okviru (P6-0061), ki ga iz državnega proračuna sofinancira Javna agencija za raziskovalno dejavnost RS.